机构设置

党政管理机构

• 办公室(党委巡察办)
• 纪检处
• 组织部
• 统战部
• 宣传部
• 学生处（学生工作部、武装部）
• 研究生处
• 教务处
• 科学技术处
• 对外合作交流处
• 财务处
• 人事处
• 审计处
• 离退休工作处
• 保卫处
• 资产处
• 职能部门党委
• 直属单位党委

群团组织

• 团委
• 工会、女职工委员会（合署）

教学机构

• 基础医学院
• 中药学院
• 第一临床医学院（第一附属医院）
• 第二临床医学院（第二附属医院）
• 护理学院
• 人文与管理学院
• 民族医药学院
• 信息学院
• 马克思主义学院
• 继续教育学院
• 体育部
• 国际教育学院
• 外语部

教辅及保障机构

• 高等教育研究评估中心
• 基建办公室
• 科研实验中心
• 成果转化与社会服务办公室
• 就业创业指导中心
• 学报编辑部
• 图书馆
• 后勤服务集团
• 校医院
• 云南省中医药民族医药博物馆

研究(学术)机构

• 云南省傣医药与彝医药重点实验室
• 云南中医药大学中医西学研究所
• 云南省中西医结合慢病防治重点实验室