机构设置

党群部门

• 办公室(党委巡察办)
• 纪检处（纪委办公室）
• 党委组织部
• 党委宣传部
• 党委统战部
• 党委学工部、武装部（合署）
• 党委研工部
• 职能部门党委
• 直属单位党委
• 工会、女职工委员会（合署）
• 团委

行政部门

• 办公室(党委巡察办)
• 党委教师工作部、人事处（教师中心）
• 学生处
• 研究生处
• 教务处、教师发展中心（合署）
• 科技处（含科研实验中心）
• 对外合作交流处(港澳台办公室、国际教育学院)
• 财务处
• 资产处
• 审计处
• 新闻中心
• 保卫处
• 离退休工作处
• 基建处
• 成果转化与社会服务办公室
• 就业创业指导中心、校友会办公室（合署）

教学机构

• 基础医学院
• 中药学院
• 护理学院
• 人文与管理学院
• 民族医药学院、民族医药博物馆（合署）
• 信息学院
• 马克思主义学院
• 体育部
• 继续教育学院、职业技术学院（合署）
• 第一临床医学院
• 第二临床医学院
• 对外合作交流处(港澳台办公室、国际教育学院)
• 外语部

教辅机构

• 高等教育研究评估中心、规划发展办公室（合署）
• 图书馆
• 学报编辑部
• 网络信息中心
• 云南省中医药民族医药博物馆

保障机构

• 后勤服务集团
• 校医院

研究(学术)机构

• 云南省傣医药与彝医药重点实验室
• 云南中医药大学中医西学研究所